新たに土地を購入して建築を検討する場合、埋蔵文化財（以下埋文）エリアに入っているかは要確認です。
実際に売買契約の段階となれば重要事項として説明があると思いますが。。

できれば目ぼしい土地を見つけた段階で知っておくのが良いでしょう。借地での建築の場合も同様です。
試掘して実際に埋文が出た場合（判断要件は行政によってやや異なり、経験上条件によって若干の折衝の余地あり）、建築スケジュールが大幅に遅れるだけでなく、発掘調査、研究、資料出版、図書館への寄贈等、全ての費用は建築主負担となります。時にはそのプロジェクトの進行が困難になるほどの出費となる場合もあります。